Třetí film Muži v černém navazuje na slavnou americkou komedii. Hrají všichni stejní Tommy Lee Jones a Will Smith. Režiséra se opět ujal Barry Sonnenfeld, výkonný producent za Stevenem Spielbergem. Film byl zahájen v kinech 23. května 2012.
Role negativního hrdiny se tentokrát ujímá Jemaine Clement, hraje Borise. Toto je zločinec, který utekl z lunárního vězení. Hoří nenávistí k agentovi Kayovi, který v červenci 1969 chytil viníka a nechal ho bez paže. Když Kay najednou zjistí, že Boris uprchl, vyjadřuje velkou lítost nad tím, že ho během zatčení nezabil. Poté agent jednoduše zmizí a jen jeho partner Jay si pamatuje, že existoval. Zbytek černošského personálu si myslí, že Kay zemřel v roce 1969 při konfrontaci s nějakým zločincem.
Jediným vysvětlením takového zvrácení reality je změna v minulosti. Jay a agent O rozhodnou, že je do toho zapojen Boris. To potvrzuje další událost kosmického rozsahu - invaze Borisovy rasy na Zemi. V dřívější realitě to nebylo možné, protože Kay nainstalovala na planetu ochranné zařízení zvané „ArkNet“. Nyní, v souvislosti se smrtí agenta, před několika desítkami let, Země neměla žádnou bariéru před vesmírnými nepřáteli.
Jay zjistí, že Borise poslal do minulosti Jeffrey Price, obchodník s elektronikou, který měl ve výzbroji ilegální měnič času. Agentovi nezbývá než cestovat zpět v čase, aby zachránil svého partnera. A mladý Kay ho okamžitě zatkne. Během výslechu mu Jay všechno řekne a budoucí partner věří. Společně najdou Arkanian Griffin, který má ArkNet. Nyní všichni tři pokračují ve své cestě a vydávají se instalovat ochranu na Měsíc. Ale na raketě jsou zatčeni plukovníkem. Nyní se stává Jayovým tajným strážcem.
Od tohoto okamžiku se události rychle rozvíjejí. Hrdinové se setkají se dvěma Borisi a následuje boj. Zločinec z budoucnosti je vržen do raketové šachty a mladý Boris je poslán za ním. Ochrana Země byla zavedena. A teď by se zdálo, že Jayova mise je dokončena, ale objeví se mladý zločinec, který zázračně přežije. Plukovník umírá, ale Boris je také zničen. A nyní se ve filmu objevuje nová postava. Chlapec vystoupí z plukovníkova auta a začne hledat svého otce. Agent se pozná. Jay se vrací do své doby a v kavárně potkává Kay. Všechno se vrátilo.
