Dnes je značná část povrchových vod země znečištěná a je stále obtížnější najít pitnou a čistou vodu. Největší škody na stavu vodního prostředí jsou způsobeny lidskou hospodářskou činností.
Látky, které znečišťují vodní útvary, vstupují do vodního prostředí z antropogenních i přírodních zdrojů. Mezi ně patří ničení hornin, sopečná činnost a odpadní produkty vodních organismů. Antropogenními zdroji jsou populační růst, rozvoj zemědělské a průmyslové výroby. Domácí, průmyslové a zemědělské odpadní vody jsou vypouštěny do okolních vodních útvarů.
Antropogenní znečištění se dělí na primární a sekundární. V primárním případě se kvalita vodního prostředí přímo zhoršuje v důsledku vstupu znečišťujících emisí do vodních útvarů. Sekundární je způsobena nadměrnou koncentrací produktů rozkladu mrtvých vodních živočichů, ke které došlo v důsledku porušení ekologické rovnováhy.
Mezi hlavní zdroje znečištění patří drenážní voda, domácí a průmyslové odpadní vody, dešťové kanalizace, odpadní vody z farem pro chov hospodářských zvířat, polí a sídel, lesní doprava podél řek a vodní doprava.
Pro lidské zdraví představuje zvláštní nebezpečí znečištění vody organickými látkami s vysokou toxicitou - pesticidy. Člověk je používá v procesu svého života. Když jsou velké lesní a zemědělské oblasti letecky ošetřeny pesticidy, až 70% těchto toxických látek je přenášeno větrem na stovky kilometrů a znečišťuje kanalizace a vodní útvary. Po srážení pronikají pesticidy do půdy, do podzemních vod a poté do jezer a řek.
Nejnebezpečnějšími použitými pesticidy jsou perzistentní organické sloučeniny chloru, které se hromadí v tkáních různých organismů. Jsou-li například zapojeny do potravinového řetězce vodních organismů, budou tyto sloučeniny přenášeny z jedné trofické úrovně do druhé. Například pokud rybář chytil a snědl ryby, které se živí planktonickými korýši žijícími v rybníku znečištěném pesticidy, usadí se v jeho těle jed. Je téměř nemožné jej z těla odstranit a vysoké koncentrace jedu mohou vést k rakovině. Také syntetické detergenty - detergenty - mají vysokou biochemickou stabilitu. Jakmile se nacházejí ve vodních útvarech s toxickými odpadními látkami, hromadí se také v organismech vodních obyvatel a poté vstupují do lidského těla.
Velké nebezpečí představují radionuklidy vstupující do vodních útvarů spolu s odpadem z elektráren, některých průmyslových odvětví a jaderných lodí. Nejtoxičtějšími minerálními sloučeninami jsou olovo, arsen, zinek, rtuť a měď. Do vody vstupují srážkami z atmosféry, kde se opět hromadí v důsledku lidské činnosti (emise z průmyslových podniků). Odtoky dolů jsou také bohaté na těžké kovy. Je těžké se zbavit ropy a jejích derivátů. A jen několik vodních organismů je schopných zpracovat a zničit olejovou suspenzi.
